Началом музея Каподимонте, как и многих музеев Италии, является частная коллекция (и счастливое стечение обстоятельств). Этим и объясняется разнообразие собраний: от живописи к скульптуре, рисунки, оружие, прикладное искусство — разнообразие образцов редкой изысканности — результат умного и чувствительного коллекционирования семьей Фарнезе, а потом и Бурбонами. Последующие приобретения, часто целые коллекции, расширили оригинальное собрание произведений.
В тот же момент, дворец Каподимонте являлся богатой королевской резиденцией правящих династий с 18 в. до первой половины 19 в.
Идея строительства новой резиденции на холме в северной части Неаполя принадлежит Карлу Бурбону, который занял трон королевства в 1734 г. Строительные работы продолжались почти 100 лет.
Наиболее ценные экспонаты музея — картины европейских и итальянских художников, представляющих, в основном, позднее Средневековье и эпоху Возрождения. В различных коллекциях находятся произведения Мазаччо, Симоне Мартини, Андреа Мантенья, Джованни Беллини, Микеланджело, Рафаэля, Корреджо, Тициана, Пармиджанино, Эль Греко, Аннибале Карраччи.
Гордостью Каподимонте можно назвать неаполитанскую секцию — работы как местных художников, так и приезжих, оставивших значительный след в культурной жизни города. Здесь особое место занимают Караваджо и его последователи — Карло Селитто, Баттистелло Караччоло, Артемизия Джентилески.
В соответствии с интернациональными экспозиционными традициями, в 1978 г., после выставки Альберто Бурри, некоторые работы художника были подарены музею, положив начало коллекции современного искусства. Сегодня музей Каподимонте — единственный музей античного искусства Италии, который может похвастаться подобной коллекцией.
Последняя комплексная реорганизация музея была проведена в 1995 году.